پس از آنکه گزارش خرید ها و فروش های فصلی و مالیات بر ارزش افزوده را تهیه کردیم. باید مالیات بر ارزش افزوده پرداختی (به فروشندگان) را از مالیات بر ارزش افزوده دریافتی (از مشتریان) کسر کنیم. مابه التفاوت این دو رقم، اگر مثبت بود(اگر حساب مالیات بر ارزش افزوده بستانکار بود) یعنی مالیات بر ارزش افزوده دریافتی بیشتر از مالیات بر ارزش افزوده پرداختی بوده که باید به اداره دارایی پرداخت کنیم.
در این حالت پس از پرداخت مالیات ارزش افزوده ثبت زیر را در نرم افزار حسابفا انجام می دهیم. از منوی عملیات مالی پرداخت وجه، در صفحه پرداخت وجه سایر را انتخاب کرده و از لیست حساب ها ، حساب مالیات بر ارزش افزوده را انتخاب میکنیم. یک شرح مناسب نوشته مثلا: (پرداخت مالیات بر ارزش افزوده تابستان)، تاریخ پرداخت را وارد کرده و سپس افزودن فیش بانکی را زده و اطلاعات تراکنش پرداختی را وارد کرده و دکمه ثبت را می زنیم.
با اینکار بصورت اتوماتیک، سیستم یک سند حسابداری به شکل زیر برای ما صادر میکند:
| حساب | بدهکار | بستانکار |
| مالیات بر ارزش افزوده | (مبلغ مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده) | |
| بانک ها / بانک تجارت | (مبلغ مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده) |
اگر مابه التفاوت مالیات ارزش افزوده دریافتی و پرداختی، منفی بود(اگر حساب مالیات بر ارزش افزوده بدهکار بود) یعنی مالیات بر ارزش افزوده پرداختی بیشتر از مالیات بر ارزش افزوده دریافتی بوده که در این صورت از اداره دارایی طلبکار می شویم.
در این حالت یک سند حسابداری (دستی) به شکل زیر در سیستم ثبت میکنیم:
| حساب | بدهکار | بستانکار |
| حسابهای دریافتنی – دولتی | (مبلغ مالیات بر ارزش افزوده بستانکار شده) | |
| مالیات بر ارزش افزوده | (مبلغ مالیات بر ارزش افزوده بستانکار شده) |
حال اگر در فصل بعد به اداره دارایی بدهکار شدیم، ابتدا با مبلغ بستانکار شده فصل قبل تهاتر می کنیم و نهایتاً مابه التفاوت را پرداخت میکنیم. که در این صورت یک سند حسابداری (دستی) به شکل زیر در سیستم ثبت میکنیم:
| حساب | بدهکار | بستانکار |
| مالیات بر ارزش افزوده | (مبلغ قابل پرداخت فصل جاری) | |
| حسابهای دریافتنی – دولتی (یا غیر تجاری) | (مبلغ بستانکاری مالیات بر ارزش افزوده فصل قبل) | |
| بانک ها / بانک تجارت | (مبلغ قابل پرداخت فصل جاری منهای مبلغ بستانکاری) |
